2011年3月13日 星期日

從藍小灰蝶探討,物種生命條碼的差異(Barcoding gap)真的存在嗎?

圖為Agrodiaetus merhaba

文章出處

Martin Wiemers and Konrad Fielder, 2007. Does the DNA barcoding gap exist?- A case study in blue butterflies (Lepidoptera: Lycaenidae) Frontier in Zoology 4: 8 [pdf]

文章簡介

生命條碼是利用COI的一段序列作為物種快速鑑定的構想,最初是從鳥類以及一部分的節肢動物開始做起,在這兩個類群都顯示出物種間有明顯的基因的歧異度上可以作為鑑識用也就是所謂的生命條碼,後這個構想也幫助隱蔽種(cryptic species)的發現,更有人應用於演化生物學以及系統分類學上,但是有很多的分類學家很不贊同這樣,其中一個原因在於界定物種的生命條碼的差異(Barcoding gap),可能是人為的因素所造成,起因於物種取樣(不論在種間或種內)不完全所導致。Wiemers & Fielder在2007利用了藍小灰蝶重新檢視生命條碼的差異是否存在。他們所選的Agrodiaetus屬(或亞屬)的藍小灰蝶不同種間有染色體數目上的差異,所以雜交無法受孕(或後代不孕),也間接提供一個物種鑑定的依據,所以Agrodiaetus屬(或亞屬)的藍小灰蝶,是一個很適合檢測生命條碼的差異是否存在的材料。分析的部分,將基因序列使用K2P model (以便與之前文章比較)所計算出來的遺傳距離(genetic distance)來看種間和種內的差異,或是跑neighbor joing的樹,都無法完全的將種內或種間完全區隔開,換句話說也就是所謂的基因條碼的差異真的只是人為的結果。但是生命條碼對於隱蔽種或新種的發現還是有其重要性在,只是在使用生命條碼時需要更加的嚴謹,除此之外,生命條碼還有一個很基本也很重要的問題要解決,那就是物種的鑑定,Wiemers & Fielder (2007)年文中提到基因庫(Genebank)中幾個物種鑑定錯誤的序列,類似的問題說不定也存在於其他的資料庫中,如果連最基本的問題都沒解決,那生命條碼的可性度就令人質疑了。

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